「LilyBox」は、デスクトップのファイル/フォルダを管理・整理するためのユーティリティ。ファイルの種類や仕事の内容などに応じて自由に「BOX」を作成し、ショートカットファイルやフォルダを登録しておける。「BOX」をクリックするとメニューがポップアップし、ファイルを開いたり、アプリケーションを起動したりできる。「BOX」はデスクトップ上にラベル名付きのアイコンとして表示され、「デスクトップアイコンの表示」オプションをOFFにしても消えることはない。

「BOX」の名前やアイコンは、ユーザの好みに応じて自由に設定することが可能。インストール後の初期状態では、用途に応じた10種類のスタイルをプレビューしながら、簡単にセットアップできるようになっている。フリー版で利用できる「BOX」は最大5個まで（有償のプレミアム版では無制限）。登録できるファイル/フォルダの数に制限はない。

アイテムを「BOX」へ登録するには、デスクトップやエクスプローラなどから「BOX」上にファイル/フォルダをドラッグ＆ドロップすればよい。「スタート」メニューやProgram Filesフォルダ内のアプリケーションは、コンテキスト（右クリック）メニューから登録できる。

デスクトップ上のショートカットファイルをドロップした場合は、元のショートカットはデスクトップから削除されるが、削除しないようにオプションで変更することも可能だ。