不思議な石「クリスタルキューブ」を求めて少女が冒険する長編RPG。美麗なグラフィックと感動のストーリー、戦略性の高いバトルシステムなど、魅力が多数。「CUBE!」の主人公は、小さな島にある学園の魔法科に通う少女「アルト」。ある日、学園から長期休暇に入る学生たちに、「クリスタルキューブを探し出す」という課題が与えられる。アルトは課題をこなすため、友人たちとクリスタルキューブを探すことになるが、さまざまな思惑を持つ者たちの妨害を受けることになる……というストーリー。
「キューブ」とは、少量の魔力を蓄えられる小さな石のこと。魔法を習得した人間は、キューブを媒体にして魔法を使うことができる。通常のキューブは、火系の魔法が使える「レッドキューブ」や雷系の「イエローキューブ」といったように属性を持つが、課題に出されたクリスタルキューブだけは属性を持たない代わりに、「空間に干渉できる」という特殊な能力がある。
ゲームの特徴は、魅力的なキャラクタと謎の多いストーリー。とある理由で母親を亡くしたものの、素直で明るく優しいアルト、義理の姉で頼れる存在だが、なぜかメイド服で家事を取り仕切るネコミミ少女「ミント」、無口だが意外と皮肉屋な面を持つ友人「マリネ」、マリネの妹で暴走&単細胞気味の「トルテ」など、いずれも個性豊か。アルトをライバル視するお嬢様の「エリザ」など、お約束のキャラクタも登場する。
ストーリーの山場に表示される美麗なグラフィックも、プレイヤーを物語に引き込んでくれる。通常の一枚絵のほか、絶妙なタイミングで表示されるカットイン、複数のグラフィックでアニメーションしているように見える演出などを駆使して、ストーリーを盛り上げてくれる。
アルトはクリスタルキューブ探索のために、毎日異なるダンジョンを冒険する。全体マップ上には四角い「街」と丸い「ダンジョン」が表示され、行きたい場所をポインタで選択する。ただし、最初は限られた場所しか表示されておらず、「使い魔」を使って隠れた街やダンジョンを見つける必要がある。
全体マップ上でキャンセルキーを押すと、探索モードに入る。任意の場所に使い魔を移動させて決定キーを押すと、近くに街やダンジョンがあった場合は画面が光って出現する。探索には「ファミリアポイント」が必要で、見つからなくても決定キーを押すごとにポイントが消費される。ストーリーの進行に欠かせない場所は、探索モードに入っただけで自動的に出現するので、手動探索は不要だが、重要なアイテムが手に入る場所もあるので、できるだけ探索しておきたい。
独自の戦闘システムも特徴のひとつ。敵味方ともに「ACゲージ」がなくなった者から行動を起こせる。味方キャラクタには「スタミナランプ」があり、三つ点灯するとキャラクタ別の方向キーを押すことでACゲージを瞬時にゼロにできる。行動可能になったキャラクタは右上にアイコンが表示される。
攻撃は通常攻撃、魔法攻撃、技攻撃の3種類。魔法攻撃で消費するMPはパーティ全体で共有するため、残量や配分には要注意。基本的には通常攻撃などで少しずつMPを回復させてゆく(ダンジョン内などの全快ポイントでも回復しない)。技には、レベルアップで覚える通常技と、「奥義書」を装備することで使える「大技」がある。大技は「APゲージ」が満タンのときに使用できる。
複数の味方キャラクタのアイコンが同時に表示された場合、「連携攻撃」を行える。同時に攻撃して、敵に大ダメージを与えることが可能だ。「連携攻撃」には「物理連携」と「魔法連携」があり、二人の場合は単体攻撃、三人の場合は全体攻撃が可能となる。連携するキャラクタによって攻撃技が異なり、技ごとに用意された派手なグラフィックが表示される。
タイミングよく決定キーを押すことで、ダメージを防げるがACゲージが増える「咄嗟にガード」などがあり、状況に応じて攻撃や防御、回復などを組み合わせて戦っていく。戦闘で勝利すると経験値やお金を入手できるほか、「通常攻撃のみで勝利」「ノーダメージで勝利」といった特定の条件を満たすことで、さまざまなボーナスをもらえる。