「15日後に起こる災い」を防いで、天空の島を救うという設定のファンタジーRPG。「時間」の概念を持ち、主人公の行動によって展開がさまざまに変化する。「シルフェイド幻想譚」の舞台は、神のような存在である「リクレール」によって創られた天空の島。あるとき、島を見守っていたリクレールは、15日後に大きな災いが起こることを予知する。島を危機から救うため、リクレールは「意識の海」から主人公を呼び寄せ、「トーテムの力」「15個の命」「この世界の言葉」を与える。プレイヤーは主人公となり、15日後に起こる災いの正体を突き止めて、未然に防ぐための冒険に臨む。
プレイヤーはゲーム開始時に、主人公の性別と名前を決め、冒険をこなすための大きな力となる神獣「トーテム」を選択する。選択できるのは、犬型で生真面目な性格の「クロウ」、鳥型で軽い性格の「フェザー」、竜型で好奇心旺盛な「スケイル」の3種類。各トーテムは能力の上昇傾向や得意な攻撃方法が異なる上、独自の「特殊スキル」を持っており、どのトーテムを選ぶかによって、行動方針や戦略、難易度などが変わってくる。
最大の特徴が「時間」の概念。災いが起こるまでのタイムリミットが15日と決まっており、15日を過ぎると主人公がいくら強くてもゲームオーバーになる。各地でのイベントも日時が決まっており、主人公がいなくても事件などが発生する。特定のキャラクタが別の場所に移動していたり、重要なキャラクタに会えなかったりといった事態も起こり得る。シナリオはこれらの状況に応じて変化する。エンディングにも影響してくる。
時間は、主人公がフィールド上やダンジョンを移動するだけで経過する。特にフィールド上では一歩で1分が経過するので、むやみに歩き回るとすぐに1日が終わってしまう。さらに、夜になると店が閉まり、さまざまな情報をくれる住民が寝てしまう。時刻は画面左上に表示されているので、常に確認しておくこと。街の中は、宿屋での宿泊以外は基本的に時間が経過しないので、会話や情報収集をしっかりと行おう。
戦闘は、フィールドやダンジョンでランダムに発生するほか、特定のイベントで発生する。ただし、フィールド上の平原では敵と遭遇しない。攻撃は武器による通常攻撃と、この世界の魔法である「フォース」の2種類。フォースは店で購入するなどの方法で習得できるが、同時に五つしか覚えられない。覚えているフォースを忘れれば、別のフォースを覚えられる。また、武器は使うたびに消耗し、修理しないで使い続けると壊れてしまう。
フォースを利用するには、各フォースに設定された「FORCEポイント」と「集中」が必要。FORCEポイントはフォースを使うたびに消費され、宿屋や回復アイテムで回復できる。集中は1回の行動で一つしかたまらない。難しい魔法ほど必要な量が多いため、時間がかかる。ただし、ゲームの進め方によっては1ターンに複数回行動できるようになる。同じターンで集中し、発動させることも可能だ。必要以上の集中を行うことで、効果を高めることもできる。
敵が強い場合には「WILL」が有効。戦闘中に【Shift】キーを押すことで、そのターンだけすばやさが上がり、集中が三つたまった状態になる。通常攻撃での威力やクリティカル率が上がるだけでなく、フォースを即時に発動できる強力なものだ。ただし、使えるのは1日あたり5回限りなので、使いどころを見極める必要がある。
戦闘が終了すると、筋力・敏捷・生命などのステータスに経験値がたまるほか、「S.EXP」という特殊経験値を入手できる。S.EXPは好きなステータスに割り振ったり、特殊能力の習得に利用したりできる。魔法がメインのキャラクタの筋力を上げるなど、ちょっと変わったキャラクタ育成を行うことも可能だ。なお、戦闘で全滅した場合、主人公は15回までリクレールの力で復活することができる。復活する場所はあらかじめ設定しておける。