真横からの視点で電車を操作するシミュレーションゲーム。駅のアナウンスや列車の走行音、併走車や対向車の走行などがリアルに再現される。「TheTrains3」は、電車の運転・走行を再現したサイドビュー型の列車運転シミュレーションゲーム。実在する路線が忠実に再現されていることが特徴。ゲームは、駅での発車メロディとアナウンスの再生から開始。列車の運転を適切に行い、指定された発着時刻通りに運行することを目指す。本体単独でもJR総武線(三鷹−津田沼間)E231系の運転を楽しめるが、アドオンで路線追加もできるようになっている。
メイン画面は、上半分がプレイヤーの操作する列車本体および駅舎(または沿線の建物などの背景)を真横から見た画面。下半分は、運転に使用するマスコンや逆転ハンドル、速度計、さらに運転に必要な路線情報や運行を指示する信号機など、操作系のパーツで構成される。画面最下部には、車内放送を再現したテキストも表示される。
運転はキーボードで行う。「逆転ハンドル」の操作に使用するのが【F】/【B】キー。列車を発車させるには、まず【F】キーを押して「中立」になっている逆転ハンドルを「前進」に切り替える。停車時にブレーキ操作が間に合わず、停止位置を過ぎてしまった場合は、【B】キーで逆転ハンドルを「後進」に切り替えなければならない。駅に到着したと認められるのは「停止位置から前後2mのズレ」まで。それ以上ズレてしまった場合は、その範囲に収まるよう列車を移動させる必要がある。
ワンハンドルマスコンの操作には【↓】/【↑】キーを使用する。【↓】でハンドルを手前に引いてブレーキの解除、ノッチを上げて加速といった操作を行い、【↑】でハンドルを前方に倒して、ノッチを下げる、ブレーキをかけるといった操作を行う。ブレーキは8段階、ノッチは5段階となっている。
そのほか【[】キーで、発車時刻が近づいてきたことを知らせる「発車メロディ」をONに、【]】キーで発車メロディをOFFにし、ドアが閉まる直前のアナウンスを行うことができる。
次の駅の駅名と発着時刻は、駅情報で知ることができる(【Delete】で次駅の発着時刻データ、【Insert】で前駅の発着時刻データを切り替えられる)。プレイヤーは、発着時刻などと現在時刻、さらに「駅間距離メーター」に表示された次の駅までの距離をもとに列車の走行速度を調整する。ただし、列車の走行速度に対しては「信号機」「勾配表示」「制限速度表示板」からも指示が出され、従わなくてはならない。総武線では、平均速度80km/h、最大でも90km/hでの運転が目安で、この速度を上回った走行を続けると、信号などによる警告やATSによる自動停止などが行われる。時刻通りに列車を運行できなくとも、特にペナルティのようなものは発生しない。
もう一度、手前の駅から運転をやり直したいときや、途中の駅を飛ばして先の駅から運転したいときなどには、画面左端にある「駅間移動リスト」を使用して、好きな駅から走行を開始できる(このときは、操作にマウスを使用する)。